学术论文提交期刊后，期刊编辑会先初步筛选，判断论文的主题、原创性、质量与期刊的范畴是否相符，若有严重问题就会被直接拒稿（desk rejection），虽然对研究人员来说是很大的打击，然而编辑多半会注明原因，回复也很迅速，作者可以根据建议修改并改投其他期刊。

       若通过编辑初审就会进入同行评审（peer review）阶段，由两位以上的审稿人从专业角度，客观判断研究论文是否适合发表，并给期刊建议。编辑在审阅审稿人报告后做出决定。论文在初审之后就得到“稿件录用”（manuscript acceptance）或是“小幅修改”（minor revision）的回复是相当少见的，“修改后重新提交”（revise and resubmit）的结果较为常见，也有经同行审稿后遭到拒稿的情况。退回修改时应仔细阅读审稿人的建议，逐项进行修改，并告诉主编新的版本更动了什么部分，说明每项审稿评论均已妥善处理。

       每家期刊审稿周期不同。加利福尼亚大学（University of California）的计算生物学学生研究了PubMed搜索引擎中所有标明了投稿日期和同意录用日期的论文，发现在过去30年间，平均等待时间维持在100天上下。但特定期刊的等待时间发生了剧烈的变化。例如过去十年间《Nature》期刊的等待时间从85天增长到了150天；《PLoS ONE》期刊从37天增至125天。但与此同时，自2000年至2015年从同意录用到发表的周期却从50天左右降至了25天，这主要得益于出版技术的进步。
审稿速度缓慢有种种因素。学者指出期刊编辑指导不够清晰、同行评审速度的降低都是拖缓审稿速度的主因，蒂尔堡大学（Tilburg University）的一项统计显示：科学公共图书馆（PLoS）系列期刊的同行评审速度在过去十年中慢了一倍。另一位加利福尼亚大学生物学家的观察显示：这不仅是由于文稿增多，也是因為每篇论文的数据量相较过去相比增大了许多。

       同行评审是相当耗时耗力的工作，快速的审阅多靠审稿人的善意。学术界也担心愿意免费付出时间、精力的审稿人日益减少。出版社为了促使审稿人加快审稿已作出种种努力，像是提供审稿人小额的金钱奖励（例如美金100元）或者公布审稿所耗费的时间，以实质奖励、公共名誉激励审稿人加快审稿。伦敦出版社Veruscript就在2016年决定要给予审稿人小额现金以认可他们的付出。行为经济学期刊则开始尝试公开排序审稿人的速度，以激励大家更快地完成审阅，但学术界有人认为这只会更加打消审稿人审稿的意愿。

       事实上，作者本人也是审稿缓慢的原因之一。在知名期刊刊登意味着对论文质量更高的认可，更能加速自己的科研事业，因此常常会从最富盛名的期刊开始选投，经过好几轮的拒稿才能找到期刊发表。因此一开始就为自己的研究论文选对期刊是相当重要的。

       不少年轻研究员苦恼于长时间的等待，一般來说，若投稿后3个月都没有结果，则可以写信给责任编辑以客气的措词询问进度。

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